Системата за управление е основният компонент на вертикалния обработващ център. Той получава команди от оператора и контролира движението на различни машинни компоненти. Системите за управление обикновено използват високо{2}}прецизни CNC системи, позволяващи сложни траектории на обработка и прецизно позициониране. Чрез прецизния контрол на системата за управление, вертикалните обработващи центри могат да постигнат високо-прецизна обработка, значително подобрявайки ефективността и качеството на производството.
